Lange bevor Baar eine selbständige Pfar­rei wurde und bevor der Name "Baar" erstmals erwähnt wird, stand schon ein Kirchenbau an der Stelle der heutigen Kirche. Mauerreste und ein Grabfund lassen ihn ins frühe achte Jahrhundert datieren. St. Martin war im frühen Mittelalter ein sehr beliebter Kirchenpatron; sein Name bestätigt diese frühe Datie­rung.

Eine grössere Kirche folgt im 9. Jahrhundert; die Volkstradition sieht als Förderer dieses Kirchenbaus sogar Kaiser Karl den Kahlen. Das Datum dieses Neubaus (876) wird aber erst 1692 belegt. Als 3. Kirche wurde im 11. und 12. Jahrhundert eine romanische Kirche errichtet, die im 14. Jahrhundert einem Brand zum Opfer fiel. Über dem Schutt dieser romanischen Kirche wurde im 15. Jahrhundert eine vierte, erheblich grössere, gotische Kirche erbaut. Im 17. und 18. Jahrhundert wurde sie im barocken Stil umgestaltet. Bei der Renovation 1960-64 konnten bedeutende Fres­ken des späten 16. Jahrhunderts freigelegt werden. Ausserdem wurde die Eingangspartie mit der Empore umgebaut.
In den Jahren 2003 (aussen) und 2004 (innen) wurde die Kirche erneut renoviert.

An der Südseite der Kirche steht die St. Anna-Kapelle. Sie wurde kurz nach 1500 als Beinhaus errichtet. Die Bedeutung des Totenkults zeigen die Fresken an ihrer Aussenmauer. Im Innern fällt sofort der kreuztragende Christus auf, eine bedeutende Arbeit aus der Zeit um 1400.

Auf dem Gebiet der Gemeinde Baar befinden sich noch andere Kapellen: die Sebastians-Kapelle in Inwil (1584), die Heiligkreuz-Kapelle (1642), die Schutzengel-Kapelle (1688) und als jüngste die Deubühl-Kapelle (1919).

Beim neuen Friedhof Kirchmatt wurde 1980 auch eine moderne Friedhof-Kapelle gebaut.

Die Geschichte der Pfarrei St. Martin ist eng mit der Geschichte des Ortes Baar verknüpft: Ort und Kirche werden 1045 erstmals als Eigentum der Grafen von Lenzburg urkundlich erwähnt. Nach 1200 gehört der Besitz den Habsburgern. Graf Rudolf von Habsburg verkauft ihn 1228 ans Zisterzienserkloster Kappel. Kappel hatte damit die Pflicht, einen Seelsorger zu stellen. Umgekehrt mussten die Baarer Abgaben nach Kappel entrichten.

Im Jahre 1526, kurz vor der Aufhebung des Klosters wegen der Reformation, kauften sich die Baarer um 3'300 Gulden vom Kloster Kappel los: Kirche und Zehntrechte gingen damit an die Gemeinde Baar über. Zur Pfarrei St. Martin gehörten damals auch Menzingen, Steinhausen und das Gebiet bis gegen den Albis.

Mit der Zunahme der Einwohner, besonders in den Jahren 1960-70, war auch ein Anwachsen der Pfarrei verbunden. In Inwil wurde deshalb 1971 ein eigenes kirchliches Zentrum für das Quartier In­wil-Arbach, das St.-Thomas-Zentrum, errichtet.

Das 1958 erbaute Pfarreiheim St. Martin neben der Kirche wurde 1986 renoviert und erweitert. Das ehemalige Kinderheim neben dem Pflegezentrum dient seit 1981 als pfarreiliches Begegnungszentrum Sunnematt.